清算所又称清算公司，是负责对期货交易所内进行的期货合同进行交割、对冲和结算的独立机构。清算所是随期货交易的发展以及标准化期货合同的出现而设立的清算结算结构。在期货交易的发展中，清算所的创立完善了期货交易制度。保障了期货交易能在期货交易所内顺利进行，因此成为期货市场运行机制的核心。一旦期货交易达成，交易双方分别与清算所发生关系。清算所既是所有期货合同的买方，也是所有期货合同的卖方。
通过清算所，期货合同的转让、买卖以及实际交割，可以随时进行，不用通知交易对方，由它负责统一的结算、清算以及办理货物交割手续，这就是清算所特殊的“取代功能”。清算所的这一切行为能得以顺利实现，是因为它财力雄厚，而且实行了保证金制度，这是一套严格的无负债的财务运行制度。
清算所和交易所
和交易所一样，清算所通常是个非营利性的会员组织。清算所的会员通常都是依附于交易所的会员，除了拥有交易所的一般会员席位外，还要通过比一般会员更严格的财务指标规定。所以，期货交易所的会员分为清算会员和非清算会员，非清算会员要通过清算会员进行清算，并支付一定的佣金费用。我国的期货交易所有组织，监督期货结算的职能，交易所下设结算部作为承担期货结算职责的机构。全球证券市场、期货市场整合的趋势之一便是交易所和清算机构间日益增多的合并案例。
有些清算所是交易所的一个重要部门(如芝加哥商业交易所CME和纽约商业交易所NYMEX)，有些清算所则是在组织机构、财务体系、运行制度等方面独立于交易所的机构 (如芝加哥期货交易所CBOT)。大部分的清算所都是各自独立的机构，但也有几个不同交易所共同使用一个清算机构的情况，如国际商品清算所(ICCH)负责清算大部分英国期货交易所，市场间清算公司(The Intermartet Clearing Corp)则替纽约期货交易所(NYFE)与费城交易所(PBOT)清算。